Wann eine Installation von Brennstoffzellen und einer passenden Heizungsanlagen rentabel wird, muss immer gegenüber dem aktuell eingebauten Heizsystem gestellt werden. Die Anschaffungskosten sind im Gegensatz zu anderen „herkömmlichen“ Heizsystemen relativ hoch und eine genaue Wirtschaftlichkeit kann daher nicht pauschal genannt werden. Wichtig ist immer das ein korrekter Bezug zu den Gesamt- und Betriebskosten, dabei ist es abhängig vom Zustand und der Größe des Hauses, dem Stromverbrauch sowie dem Warmwasserbedarf, vorhanden ist.

In der Regel eignen sich Brennstoffzellenheizungungen für Nutzer oder Betreiber, die einen ganzjährigen Wärmebedarf für die Heizung und Warmwasseraufbereitung haben und über einen hohen Stromverbrauch verfügen.